Origine zoonotique du COVID-19 : une étude internationale révèle des informations clé
Une nouvelle étude collaborative à l’échelle internationale dresse une liste des espèces sauvages présentes sur le marché lié à l’émergence du SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de COVID-19, survenue fin 2019. Cette recherche s’appuie sur une analyse approfondie des données métatranscriptomiques fournies par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC). Les données proviennent de plus de 800 échantillons collectés dans et autour du marché de fruits de mer de Huanan, à partir du 1er janvier 2020, ainsi que des génomes viraux rapportés chez les premiers patients atteints de COVID-19. Les résultats de cette étude ont été publiés le 19 septembre dans la revue Cell.
Des données cruciales sur l’origine de la pandémie
« C’est l’une des bases de données les plus importantes concernant l’origine de la pandémie de COVID-19 », déclare Florence Débarre, co-auteur de l’étude et chercheuse au CNRS français. « Nous sommes extrêmement reconnaissants que ces données existent et aient été partagées. »
Kristian Andersen, de Scripps Research, ajoute : « Cet article renforce l’accumulation de preuves indiquant que des animaux infectés ont été introduits sur le marché entre mi-novembre et fin novembre 2019, ce qui a déclenché la pandémie. »
Analyse approfondie des échantillons collectés
Le 1er janvier 2020, après que les animaux aient été évacués et quelques heures après la fermeture du marché, des enquêteurs du CDC chinois se sont rendus sur place pour prélever des échantillons. Ils ont analysé les sols, les murs et d’autres surfaces des étals, puis plusieurs jours plus tard, ils ont concentré leurs efforts sur les surfaces des étals vendant des animaux sauvages, tels que les cages et les chariots utilisés pour déplacer les animaux, ainsi que sur les drains et les égouts.
Les chercheurs ont utilisé le séquençage métatranscriptomique pour analyser ces échantillons, une technique permettant d’obtenir toutes les séquences d’ARN (et pouvant également détecter de l’ADN) de tous les organismes présents. L’équipe du CDC chinois, dirigée par Liu Jun, a publié ses résultats en 2023 dans la revue Nature. Cependant, l’article n’a pas résolu l’identité exacte des espèces animales présentes dans les données qui pouvaient représenter des hôtes intermédiaires plausibles.
Identification des espèces animales liées au virus
La dernière analyse publiée dans Cell révèle que le SARS-CoV-2 était présent dans certains étals où des animaux sauvages étaient vendus, notamment des chiens viverrins (animaux ressemblant à des petits renards) et des civettes (mammifères carnivores apparentés aux mangoustes et hyènes). Dans certains cas, le matériel génétique du virus SARS-CoV-2 et de ces animaux a même été retrouvé sur les mêmes écouvillons. Les exactes espèces animales ont été identifiées en génotypant leurs génomes mitochondriaux dans les échantillons.
Conséquences pour la santé publique
« De nombreuses espèces animales clés avaient été évacuées avant l’arrivée des équipes du CDC chinois, donc nous n’avons pas de preuve directe que les animaux étaient infectés », explique Débarre. « Nous détectons l’ADN et les ARN des fantômes de ces animaux dans les échantillons environnementaux, et certains se trouvent dans des étals où le SARS-CoV-2 a aussi été identifié. C’est ce que l’on pourrait attendre dans un scénario où des animaux infectés étaient présents sur le marché. »
Worobey souligne que « ces animaux représentent le risque le plus élevé : manipuler des animaux sauvages porteurs de virus et les exposer aux humains vivant dans des agglomérations denses facilite la propagation de ces virus ».
Un appel à l’action pour comprendre l’origine de la pandémie
L’équipe internationale a également conduit une analyse évolutive des premiers génomes viraux signalés lors de la pandémie, en incluant ces séquences environnementales. Les résultats suggèrent qu’il y avait très peu, sinon aucun, humain infecté avant le déclenchement de la pandémie sur le marché, consolidant l’idée de transmissions zoonotiques.
Les chercheurs insistent sur l’importance de comprendre les origines de la pandémie de COVID-19, notamment face aux récentes émergences telles que la grippe aviaire chez le bétail aux États-Unis. Worobey conclut en affirmant : « Il est primordial de découvrir la vérité, car cela engage la sécurité nationale et la santé publique, non seulement aux États-Unis, mais dans le monde entier. »
Cette étude met en lumière des espèces animales cruciales liées à la transmission du SARS-CoV-2, renforçant l’hypothèse zoonotique derrière l’émergence de la pandémie de COVID-19.