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Le microbiome humain joue un rôle crucial dans notre santé, influençant le développement des maladies et les réponses aux traitements. Cette connexion a attiré l’attention des scientifiques du monde entier, désireux de percer ses secrets. Bien que la métagénomique traditionnelle ait fourni des informations précieuses, elle ne parvient pas à résoudre la diversité microbienne au niveau des souches ni à profiler avec précision les gènes impliqués dans la résistance aux antibiotiques. Ces limitations mettent en évidence le besoin d’approches plus avancées.
Une avancée en génomique unicellulaire
Pour répondre à ce défi, une équipe de chercheurs dirigée par le professeur associé Masahito Hosokawa, de l’Université Waseda, en collaboration avec bitBiome, Inc., a développé une approche révolutionnaire de génomique unicellulaire. Cette méthode, qui lit les informations à partir de cellules individuelles, offre une alternative prometteuse à la métagénomique conventionnelle. L’étude, publiée dans _Microbiome_ le 2 octobre 2024, explore la diversité microbienne et les caractéristiques génétiques grâce à une analyse génomique unicellulaire.
Objectifs de l’étude
L’inspiration pour cette nouvelle approche est venue des limitations de la métagénomique. Cette approche de génome unicellulaire peut améliorer notre compréhension de la manière dont les bactéries interagissent et échangent du matériel génétique, y compris des gènes de résistance aux antibiotiques, fournissant des aperçus plus profonds sur la santé humaine et les maladies, » explique Hosokawa.
Méthodologie de recherche
Les chercheurs ont réalisé une analyse individuelle à grande échelle des microbes présents dans le corps humain. Pour ce faire, ils ont recruté 51 participants et collecté leurs échantillons de salive et de selles. Ils ont ensuite utilisé une nouvelle méthode d’analyse génomique unicellulaire appelée technologie SAG-gel, commercialisée sous le nom de bit-MAP® par bitBiome, Inc. Dans cette technique, des bactéries individuelles sont encapsulées dans un gel, et leurs génomes sont amplifiés et analysés séparément.
Résultats et implications
Les chercheurs ont récupéré les génomes de 300 espèces bactériennes grâce à cette technique novatrice, qui avaient échappé aux méthodes conventionnelles. De plus, cette nouvelle méthode a fourni des aperçus plus profonds sur les gènes de résistance aux antibiotiques, les réseaux d’échange génétique, les interactions bactériennes et la diversité.
« Notre étude a analysé 30 000 génomes individuels de bactéries orales et intestinales, ce qui représente le plus grand ensemble de données génomiques au monde, démontrant la puissance de la génomique unicellulaire pour élucider la diversité microbienne et les interactions, » ajoute Hosokawa.
Applications potentielles
Les résultats de cette étude ont plusieurs applications potentielles. Dans le domaine de la santé publique, le profilage détaillé des gènes de résistance aux antibiotiques peut aider à développer des stratégies de traitement plus ciblées et efficaces. Cela peut également contribuer à prévenir des maladies, réduire les coûts de santé et améliorer la santé publique. En surveillance environnementale, la génomique unicellulaire peut suivre les changements génétiques au sein des écosystèmes pour gérer et prévenir la propagation de la résistance aux antibiotiques. Dans le secteur agricole, comprendre la dynamique des gènes de résistance peut guider les pratiques afin de minimiser la propagation de la résistance par le biais du sol, de l’eau et du bétail.
Un avenir prometteur
L’étude souligne le potentiel transformateur de la génomique unicellulaire dans la recherche sur le microbiome, offrant une compréhension plus détaillée et nuancée des communautés microbiennes. Notre approche fournit des indices pour mieux comprendre comment la résistance aux antibiotiques se propage chez les bactéries et a un potentiel pour des applications futures en médecine et en santé publique, » conclut Hosokawa.